Du müsstest die LOADER.EXE dann wohl anstelle mit COMMAND.COM durch ein kleines DOS-Programm, welches man leicht in QuickBASIC oder (Turbo|Borland) Pascal zusammengekleistert bekommt, ersetzen, das COMMAND.COM mit deiner gewünschte Batchdatei ausführt – DOS kann man schließlich nicht einfach eine Batchdatei als .EXE unterschieben.
Dann müsste man aber auch LDOS4ME entsprechend konfigurieren können oder seine einzig wahre Funktionalität – das "Kuckucksei" wieder als LOADER.EXE abzulegen, wenn Windows gebootet ist und ggf. in die win.ini einzutragen – ebenfalls mit einem eigenen Programm nachbilden.