mencoder, zwar "nur" Kommandozeile, aber einfach genial
mencoder input.wmv -oac mp3lame -lameopts br=128 -ovc lavc -of lavf -lavfopts format=mp4 -o output.mp4
so in etwa, br= ggf anpassen (audio bitrate), und falls die qualität zu schlecht wird, mit -lavcopts vbitrate= die videobitrate anpassen, standard ist 800, im zweifelsfall die vom orginalvideo nehmen