Ah ok.
Wenn du jetzt Windows 95 neu installierst, wird der Win2000 Bootloader überschrieben, das stimmt.
Deswegen solltest du am besten vorher den ganzen Kram der direkt unter C:\ liegt sichern, also die ganzen versteckten Dateien.
Wahrscheinlich sind nicht alle nötig, die Dateien boot.ini ntdetect.com und ntldr aber auf jeden Fall und den Rest zur Sicherheit auch (die Datei bootmgr ist vermutlich der Bootmanager, die brauchst du also auf jeden Fall auch)
Und nachdem du dann Win95 neu installiert hast, solltest du die zuvor gesicherten Dateien dann natürlich auch wieder zurückspielen.
Das wird aber aller Wahrscheinlichket nach nur im DOS-Modus funktionieren (da ja das laufende Windows diese Dateien braucht und ein Ersetzen nicht zulassen wird).
Also solltest du sie so sichern, dass du auch von DOS aus darauf zugreifen kannst (also bspw. auf CD brennen).
Danach sollte eigentlich auch mit dem Bootmanager wieder klappen.
Was den "Microsoft Windows"-Eintrag betrifft, sollte es einfach sein.
Irgendwo in deiner Boot.ini solltest du folgende Zeile finden:
Zitatc:\="Microsoft Windows"
Da kannst du hinter Windows dann ja einfach 95 schreiben, oder auch irgednwas komplett anderes.