MSIs machen in größeren Netzwerken Sinn.
So kann man bspw. bestimmen, dass auf jedem Computer, an dem sich der Hr. Müller anmeldet, die Software xy installiert wird und wenn er sich wieder abmeldet, wird die Software wieder deinstalliert.
Es gibt da auch noch einige andere mögliche Szenarien aber das funktioniert eben nur wenn der Installer dieser Software als msi-Datei vorliegt.
Warum das für Aqua sinnvoll sein soll, weiß ich aber auch nicht, da die msi-Datei ja nur die Art der Installation beeinflussen kann, nicht aber die Software selbst, d.h. wenn Flash Player 11 in Win98 dank kernelex funktioniert dann tut es das sowieso, unabhängig von der Installationsart (und wenn nicht, dann nicht).