Den Datenträger interessiert es eigentlich nicht welches Dateisystem da drauf ist.
Klar ein Flash Speicher hat in der Regel Wear Leveling und Garbage Collection, aber dafür braucht es nicht zwingend Dateisystemunterstützung das geht auf Block Ebene (ja es geht Effizienter mit Trim und so...).
Also eine Micro SD sollte nicht beschädigt werden wenn du die mit einem beliebigen Dateisystem beschreibst.
@Arnulf was hindert dich denn daran die SD einfach mit EXT4 zu formatieren? Okay, vielleicht kannst du sie dann nicht mehr an deinem Autoradio betreiben, aber sonst?
Was das Dateisystem aber warscheinlich beschädigt ist ein System, das nicht auf so große Partitionen ausgelegt ist. Wenn für die FAT im RAM vom Gerät halt nur 0,5MiB platz ist und die FAT Tabelle aber bei einem 128GB Datenträger mit 32k Clustergröße 1mib groß ist kann es halt zu Problemen kommen, wenn da kein Paging o.A. implementiert ist.
Und FAT32 herrscht eben immer noch vor bei "kleinen" Datenträgern, weil die Implementierung davon so einfach ist, das das auch auf einem "recht einfachem Microcontroller" machbar ist. An zwei Festgelegten Startpunkten auf dem Datenträger liegt eine Tabelle. In der Tabelle werden nacheinander alle Blöcke eingetragen die zu einer Datei gehören (in Reihenfolge). Das wars. Also wenn du die Tabelle lesen kannst, weißt du wo auf dem Datenträger welche Dateien liegen.
Bei anderen Dateisystemen ist das deutlich komplizierter. Jedoch hat die Einfachheit auch ihren Preis. Die Tabelle wird bei modernen Datenträgern sehr lang und ist dadurch natürlich nicht schnell zu durchsuchen, es gibt keine Mechanismen um Fragmentierung vorzubeugen, etc.
Deshalb ist FAT wirklich überholt heutzutage.
Was mich an modernen tragbaren Speichergeräten nervt, ist das Windows immer noch auf das Removable Media Bit (RMB) schaut und einen auf Sticks oder SDs nicht mehrere Partitionen anlegen lässt, bzw. wenn man das mit anderen Betriebssystemen tut, einfach alle bis auf die Erste ignoriert.